В принципе,это очень легко.

Что для этого надо:
1) *.арр - приложение, которое хотим запаковать в ipa
2) Архиватор. Рекомендую WinRAR(для винды) или BetterZip(для Mac).

Поэтапная инструкция:
1) создаем папку Payload и кидаем в нее наш *.арр
2) (опционально) Если вы хотите, чтобы при добавлении в iTunes появлялась иконка приложения, то берем любую картинку иконки в формате *.png(желательно разрешения 512х512), меняем имя файла на iTunesArtwork(без расширения) и кидаем его в ту же папку, где находится папка Payload.
3) Выделяем папку Payload и файл iTunesArtwork, и архивируем в архив zip с максимальным(!!!) сжатием.
4) Меняем расширение нашего архива *.zip на *.ipa
5) Мы получили полноценный файл IPA, который можно спокойно добавлять в iTunes